Достоверно известно, что обитель существует с 1295 года. Бытует несколько версий ее создания. Согласно первой, монастырь основал князь Димитрий Борисович. Второе предположение гласит, что он возведен в конце XIV века по наставлению княгини Евдокии, супруги великого князя Димитрия Донского. И в третьей версии основательницей называется последняя супруга царя Ивана Грозного ― Мария Феодоровна Нагая. Изначально женский монастырь был деревянным и располагался на территории Угличского кремля, однако в Смутное время он подвергся разорению и был сожжен поляками. В 1661 году было решено возвести обитель на новом месте. Первое каменное сооружение монастыря ― Богоявленская церковь ― освящена в 1700 году, сегодня это одна из главных достопримечательностей Углича.