Водоем входит в группу Манычских озер, которые образовались на месте пересохшего пролива, соединявшего Азовское и Каспийские моря. Имеет реликтовое происхождение. Площадь озера около 40 километров. Внешне оно похоже на вытянутую и почти плоскую чашу. Глубина сильно варьируется в зависимости от времени года. В конце жаркого периода Большое Яшалтинское озеро частично пересыхает. Грязь соленого водоема обладает лечебными свойствами, сравнимыми с действием минералов Мертвого моря.