Святыня основана монахом Зосимой в 1826 году. Землю для строительства пожертвовала местная помещица Мария Бахметьева. Статус монастыря сестринская община получила лишь в 1856 году, просуществовала до ХХ века и была закрыта в советское время. Монастырская жизнь вернулась в Зосимову Пустынь лишь в начале 2000-х годов. Сегодня на территории монастыря продолжаются реставрационные работы, сестры живут тихой, смиренной жизнью, а службы проходят в двух храмах — Святой Троицы и Рождества Иоанна Предтечи.