Храм из дерева был сооружен на месте Проломных ворот посада в XVII веке. В 1741 году он полностью сгорел. Через несколько лет вместо него был построен новый храм с каменными стенами. Во времена революции 1917 года храм использовался как склад, а в советский период его переоборудовали под спортзал, из-за чего все убранство собора, вплоть до внутренней отделки и росписей, исчезло. Поэтому в Богоявленской церкви на данный момент все иконы современные. В стенах этого храма крестили оперного певца Федора Шаляпина, здесь же он пел в церковном хоре. Во дворе собора ему даже установили памятник.