Основан в конце XVII века с благословения митрополита Тобольского и Сибирского Павла. Первые постройки были деревянными, в 1762 году возвели каменную Знаменскую церковь в древнерусском стиле с чертами сибирского барокко. Из других сооружений сохранились Святые ворота и настоятельские кельи. В XIX веке монастырь славился шитьем богослужебных одеяний, светских платьев и обуви. С 1990 года здесь хранятся мощи святителя Иннокентия (Кульчицкого). В обители похоронены декабристы Николай Панов, Петр Муханов и Владимир Бечаснов, а также Екатерина Трубецкая, жена декабриста Сергея Трубецкого, и их дети.