Основанное в 1925 году учебное заведение ведет свое начало от Физиологической лаборатории, созданной в конце XIX века. Возглавил его первый российский лауреат Нобелевской премии академик Иван Петрович Павлов. Главное здание института находится в Санкт-Петербурге. В XVIII веке на этом месте недалеко от Стрелки Васильевского острова итальянский архитектор Доменико Трезини построил Биржевой Гостиный двор. Его использовали как таможенное и складское помещение для находившегося рядом Морского торгового порта. В XIX веке фасады перестраивал архитектор Карл Росси. Впоследствии сооружение было почти полностью разобрано. По проекту Константина Тарасова здесь в начале XX века построили корпус с колоннами в стилистике неоклассицизма для Главного управления неокладных сборов и казенной продажи питей. После революции здание занял Совет народного хозяйства Северной области, а затем Институт физиологии имени И.П. Павлова, специализирующийся на исследованиях в области физиологии головного мозга. Вуз действует и по сей день. В этих стенах сейчас также находится факультет психологии СПбГ.