Обитель основана в начале XIV века, а широкую известность получила во второй половине XV столетия, когда сюда перенесли мощи святого Иакова. Долгое время постройки на территории монастыря были деревянными, и окончательно архитектурный облик сформировался лишь к 1870-м годам. Сегодня в комплекс входят каменный Духовский собор 1676 года, храм Иакова Боровичского, возведенный в 1872 году из красного кирпича, Иверская надвратная церковь и другие здания.
В годы Первой мировой и Великой Отечественной войн здесь организовали госпиталь, позднее — воинскую часть. В 2000 году обитель возвращена верующим: возобновлены богослужения, ведется реставрация старинных зданий.